MicroRNA靶基因预测及功能注释


MicroRNA对转录本进行转录后调控,在生物生长发育过程中起着及其重要的调控作用。根据研究报道,microRNA不仅能引起mRNA的降解及阻碍蛋白质的翻译,还能够通过影响mRNA及蛋白质的构象,从而影响重要蛋白质功能的正常发挥。目前主要的分析方法还是通过研究microRNA调控的靶基因,从而间接分析microRNA对样本产生的影响。我们通过多个知名的microRNA的靶基因预测数据库中已验证的microRNA靶基因作用关系(validated miRNA-target interactions)对microRNA的靶基因进行准确预测,并进行功能注释。多数据库交叉验证,使得结果非常可信。

下图1为人前列腺癌代谢通路中各基因与其作用的microRNA关系图的一部分。图中圆形结点为基因或其产物,方形结点为microRNA,黑色连线为基因-基因相互作用关系,彩色连线为microRNA-基因作用关系,箭头代表作用方向,结点的颜色为基因或microRNA的差异比值,灰色为缺少数据的结点。

不仅可以通过表达结果来标注microRNA,还以用microRNA的相关功能分类来标注。透过直观的图形,能从复杂的作用关系网络中找到关键的基因及microRNA。



图1 microRNA靶基因关系网络图


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