蛋白相互作用网络构建


随着对生物医学研究的加深,学者们认识到生命活动的大多数过程是由许多的分子共同作用所完成的。此时再单纯地研究单个分子之间的相互作用显然无法从整体上阐明这种复杂的相互作用以及调控结果。因此,目前蛋白质相互作用的研究重点已经逐渐从单个分子转向许多分子间的相互作用以及由它们所形成的复杂网络,并通过这种网络试图去揭示生命过程所涉及的分子组成、反应通路以及调控机制等一系列问题。

根据提供的一系列蛋白名称或编码蛋白的基因名称查找与其直接或间接作用的基因产物。将他们之间的作用关系透过网络作用图的形式展现出来,并能将复杂网络关系图中众多的节点根据不同方法找出关键的节点蛋白。


应用示例


下图1为对72个基因组成的基因列表做它们基因产物相互作用网络图。当基因列表所含基因较少时,还可以找到与这些基因相互相互作用的基因,将他们也标注在网络图中,丰富网络图的内容。当基因数量较多时,仅关联查询基因产物之间的相互相互作用关系,使得网络图不过于复杂,而难以得到有价值信息。当网络图中基因产物节点间关系较复杂时,我们还可以帮你找到整个网络图中的关键节点基因(图2)。这些基因在整个网络中起到中转连接作用,它们的变化影响到整体或局部网络的调控。



图1 蛋白/基因产物相互用作网络关系图


图2 相互作用网络关系图关键节点基因发现

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