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如何寻找miRNA的靶基因?
miRNA的靶基因的确定,需要通过计算机预测和实验验证两个步骤。
计算机预测:
通过几大数据库(miRanda、PicTar、TargetScan等),在同一物种所有基因的3’UTR区域筛选miRNA互补序列,从而给出可能是该miRNA靶基因的一个基因集合。

实验验证:
A.表达谱分析:在体外细胞中加入miRNA抑制剂(inhibitors)或拮抗剂(antagomir),然后对计算机预测的基因集合进行表达谱分析,同时设置未经过处理的对照组,找出表达有差异的基因,初步确定miRNA靶基因。
B.进一步验证:将初步确定的miRNA靶基因3’UTR区序列克隆,找出与miRNA互补的miRNA靶序列。构建一个含有miRNA基因、靶序列、报道基因的质粒,靶序列应在报道基因的表达调控区域。将其转染到细胞内,同时设置对照组,观察报道基因的表达情况,进一步验证miRNA的靶序列。
 
 

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